歯科医院の場合は、労災の指定医療機関となっていない医院がほとんどですので、治療費は窓口で全額徴収され、支払った治療費を後日、労働基準監督署に請求することになると思われます。
健康保険が適用になる治療は労災保険でも適用になりますが、保険適用外の材料を用いた治療については診療報酬（歯科点数）が定められていないため自由診療となり、かかった治療費の全てが労災適用となるとは限りません（歯の材料費については１本８万円の上限があります）。

労災の適用とならない自己負担金が発生するかどうかについては、歯科医院にご確認ください。
労災での治療の経験が少ない歯科医も多いため、まず、歯科医院から、御社の管轄の労働基準監督署又は労働局に治療内容及び見積もり等を示し、労災適用について確認していただくことをお勧めいたします。